Die meisten Freien Waldorfschulen sind „einzügig“, das heißt pro Jahrgang gibt es nur eine Klasse. Auf Grund der großen Nachfrage mussten einige Schulen Parallelklassen einrichten und wurden zweizügig (pro Jahrgang zwei Klassen).

Manche Freie Waldorfschulen haben zusätzlich einen „Zug“ mit jeweils einer kleinen Parallelklasse pro Jahrgangsstufe eingerichtet: Dieser Kleinklassenzug soll besonders den Schülern eine besondere Fördermöglichkeit bieten, die in den relativ großen Waldorfklassen überfordert sind. Viele Kinder reagieren heute auf Außenreize so empfindlich, dass Lern- und Verhaltensstörungen sichtbar werden, die in einer überschaubaren, kleinen Lerngruppe besser bearbeitet und über-wunden werden können.

In der Regel wird bei den Schülern der Kleinklasse ein besonderer Förderbedarf festgestellt. Sie werden von speziell für diese Aufgabe ausgebildeten Waldorflehrern unterrichtet. Die Kleinklasse ist als paralleler Zug unter einem Dach mit der großen Schulgemeinschaft. Es werden vielfältige Begegnungsmöglichkeiten gepflegt, so dass eine Reintegration erleichtert wird.